自転車では、上体の動きは比較的少なく、筋肉は等尺性収縮に近い状態で活動していますので、肩などに凝りが出る可能性はランニングなどに比べて高くなります。また、女性の筋力は、男性のおよそ2/3程度しかありません。したがって、乗る際に荷物を入れたリュックを背負うと、それだけ筋の張力が上がって疲れやすくなり、肩の凝りが発生する確率は高くなると言えます。
したがって、ロードバイクで遠出をするときはできるだけリュックを背負わずに、ジャージのポケットやウエストバッグあるいはフロントバッグを利用するなど、肩に負担をかけない工夫が必要だと思います。
もし、それでも肩の凝りが慢性的に発生するようであれば、筋力不足の他に、自転車のサイズやポジショニングが適正でないことが考えられます。SBAA PLUS認定店などの信頼できるショップで専門家に相談されることをお勧めします。