「ホイールを何に使うか?」が決め手になるかと思います。私自身は現在、通勤のほか、2ヵ月に1度ほど、サイクリングイベントなどで60km?100kmの距離を自転車に乗っています。その際はレースとは違い、段差や信号のスタート&ストップが多い環境下です。このような場合は、パンクのリスク回避、段差の乗り心地を考えると、25Cのクリンチャータイヤが最適ですね。逆にトップスピードや平均スピードの速いレースに出場する時や、ヒルクライムレースなどの上り一辺倒のレースイベントではチューブラータイヤを使いたくなりそうです。
クリンチャーホイールはクリンチャータイヤに(一部チューブレスも)、チューブラーホイールはチューブラータイヤに対応し、シーンに合うタイヤタイプと、それに適合するホイールを選ぶ必要があります。
チューブラータイヤはパンクのリスクなどを考えると使いづらいタイプのタイヤですし、上位グレードのクリンチャーホイールのほうが、一般的には使い勝手は良いように感じます。