筋肉痛は、筋肉が引き延ばされながら力を発揮しなければならないこと（伸張性筋収縮）を強いられる運動で起こりやすいと言われています。例えば、ランニングやウォーキングでの着地局面では伸張性収縮が生じています。坂道を下るときは、伸張性収縮が強調されることになります。
　一方、自転車ではこのような伸張性収縮は基本的に生じませんので、かなりの距離や登り坂を走っても、ランニングのような強い筋肉痛に悩まされることはほとんどないのが普通です。また、毎週1日以上運動している場合は、繰り返し効果で、たとえ筋肉痛が起きても徐々にその程度は小さくなり、やがては起きなくなります。
　しかし、ご質問の内容からは、走るたびに筋肉痛が起きているように思われます。原因としては、（1）現在の体力水準から考えて、一度に行うトレーニングの強度や量が多すぎる、（2）自転車のサイズやポジショニングが不適切なため、スムーズなペダリングが出来ていない、ことなどが考えられます。チェックしてみてくたさい。（2）の場合は、SBAA PLUS認定店などの信頼できるショップで専門家に見てもらうことをお勧めします。
　それから、筋肉痛が出る場所の筋力をつける補強運動も取り入れてみてください。