確かに非インパクトタイプ(着地等による骨への刺激が少ない)の運動である自転車や水泳では、低い骨密度が数多く報告されていますので、ご心配かと思います。しかし、骨の強さの間接的な指標にはそのような傾向はなく、サイクリストではむしろ高いことも報告されています。また、骨の専門家の話では、自転車や水泳をやっている人に骨折が起きやすいというデータもないようなので、極端に心配することはないと思われます。
取り敢えず、自転車を楽しみながらインパクトタイプ(着地等により骨に刺激を与えられる)の運動、例えばウォーキングやランニングも、適宜取り入れていく、ということでよいのではないでしょうか。